Sean, nay đã trở thành cậu thiếu niên 17 tuổi, bỗng nhận được một tín hiệu kêu cứu kỳ lạ ở nơi không tồn tại trên bản đồ. Cậu tin rằng tín hiệu này do ông ngoại cậu, người đã mất tích từ lâu, gửi đi từ hòn đảo huyền bí mà ông đang mắc kẹt lại.

Cùng một nhóm đồng hành gồm cha dượng, viên phi công nhát gai và cô bạn Kailani xinh đẹp, Sean đặt chân tới hòn đảo bí ẩn kia mà không lường trước nguy hiểm có thể xảy ra...

Bộ phim được đánh giá là "bê nguyên" những gì hay nhất của phần 1 sang, có khác chỉ là... dàn diễn viên. Tuy vậy, Hòn đảo huyền bí vẫn được đánh giá là một phim phiêu lưu - gia đình tương đối dễ chịu cho người xem.